腾讯健康组学平台 公共仓库

腾讯健康组学平台公共仓库中向用户开放三类公共资源:公共应用、公共镜像、公共数据。

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一、公共应用

公共应用是腾讯健康组学平台向用户开放的预定义工作流,覆盖全基因组测序(WGS)、外显子组测序(WES)以及数据预处理等常见分析场景。公共应用提供了常见的运行参数,开箱即用,可提高生信分析效率,为你节省时间和精力。只需选择所需的公共应用,按照参考参数模板进行参数设置,即可一键启动工作流。整个过程简单易用,无需复杂的编程和命令行操作。无论你是刚接触生信分析的新手,还是在某个领域有深入研究的专家,都可以通过公共应用快速上手并完成各种分析任务。

二、公共应用列表页

公共应用列表页显示各应用名称、简介和分类标签,可按照应用类型筛选或按照应用名称搜索所需公共应用,支持一键导入至工作项目。

三、公共应用详情页

任意公共应用详情页包含以下几个方面的内容:

·简介说明: 介绍工作流的主要步骤、使用场景、快速入门指南、应用来源及版权信息。

·WDL 文件:应用的 WDL(Workflow Description Language)文件,包含应用分析任务的具体实现,如输入输出、任务间依赖关系等。

·DAG 预览:工作流分析步骤的有向无环图(DAG),可快速了解应用的整体框架。

·运行参数:平台提供的参考输入,你可以根据自己的需求和数据特点,参考这些参数进行调整和优化。

四、导入公共应用到工作项目

用户可导入公共应用到自己的工作项目中,编辑和运行导入后的应用。

导入方法如下:

方式一:在公共仓库中选择公共应用

首页侧边栏选择公共仓库,上方 Tab 切换至公共应用,通过搜索名称或筛选分类,找到需要的公共应用,单击该应用卡片的导入项目。

显示导入项目弹窗,填写应用名称,选择应用导入的工作项目。(公共应用暂仅支持代码编辑模式使用)

方式二:在工作项目中导入公共应用

进入任意工作项目,单击应用模块右上角公共应用。

下拉框中显示常用公共应用,支持快捷导入至当前工作项目。单击下拉框下方“更多应用”可跳转至公共仓库 > 公共应用列表页,查看更多公共应用。

单击下拉框的任意公共应用按钮“导入项目”,显示导入项目弹窗,需填写应用名称。(公共应用暂仅支持代码编辑模式使用)

五、公共镜像

平台提供了丰富的生信分析工具镜像,覆盖了单细胞、RNA、DNA 等多个研究领域。用户可以在 WDL 文件中快速调用平台提供的公共镜像 docker 地址,简化生信分析工具的使用,提高分析效率。

六、公共镜像列表页

公共镜像列表页显示各镜像名称、简介和分类标签,可按镜像类型筛选或按镜像名称搜索所需公共镜像,支持一键复制镜像最新版本 docker 地址,在 wdl 中使用。

七、公共镜像详情页

任意公共镜像详情页包含以下两方面的内容:

·简介说明: 介绍公共镜像使用场景、功能、来源及版权信息。

·镜像版本

八、编辑应用时快捷调用镜像

在应用编辑阶段,你可以通过资源管理器上方的“镜像工具”菜单,查看“公共仓库”中公共镜像相关信息,找到所需镜像后,复制镜像地址,可在 wdl 中使用,而无需打开公共镜像页面查找所需镜像的地址。

九、公共数据

平台提供了丰富的公共数据,覆盖常见的基因参考注释文件、大型科研项目数据、疾病相关变异数据等多种类型,可满足你多样化的分析需求。你可以在平台上快捷地使用这些数据,避免重复下载,减少数据存储和传输成本。

十、公共数据列表页

公共数据列表页显示各数据库名称、简介和分类标签,可按数据库类型筛选或数据库名称搜索所需公共数据。

十一、公共数据详情页

任意公共数据详情页包含以下两方面的内容:

·简介说明:包含数据简介、大小、使用场景等基本信息。

·来源及版权声明

十二、使用公共数据

公共数据无需拷贝或下载,在运行设置阶段,File 类型的参数支持打开公共存储桶文件目录选择公共数据文件地址作为输入参数的值。

找到待赋值变量行对应值列,单击文件图标,展开存储桶目录,切换至“公共存储桶”,可浏览并选择需要的公共数据作为输入文件。

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